機関設計の選択は、会社の規模や株式の譲渡制限の有無等により、いくつかの制限があります。また、会社法上、株主総会と取締役又は取締役会は最低限必要とされ、かつ、会計参与は全てに設置可能とされています。
株式会社を非公開（株式譲渡制限）会社とそれ以外に区分し、大会社並びに大会社以外（中小会社）における選択可能な組み合わせは以下の通りです。なお、上場会社は大会社以外であっても取締役会、監査役会又は指名委員会等・監査等委員会及び会計監査人を置くものとされています。
※大会社とは次にあげる要件のいずれかに該当する会社を言う。
最終事業年度に関わる貸借対照表に資本金として計上した金額が5億円以上であること。
最終事業年度に関わる貸借対照表の負債の部に計上した額の合計金額が200億円以上であること。
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非公開会社（株式譲渡制限会社） |
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大会社以外（中小会社） |
大会社 |
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監査役会設置会社（取締役会＋監査役会＋会計監査人） 監査役等委員会設置会社（取締役会（＋監査等委員会）＋会計監査人） 指名委員会等設置会社（取締役会＋三委員会＋会計監査人） 取締役会＋監査役＋会計監査人 取締役会＋監査役会 取締役会＋監査役 取締役会＋監査役（会計監査権限に限る） 取締役会＋会計参与 取締役＋監査役 取締役＋監査役（会計監査権限に限る） 取締役のみ いずれにも任意に会計参与を設置することができる。 |
監査役会設置会社（取締役会＋監査役会＋会計監査人） 監査役等委員会設置会社（取締役会（＋監査等委員会）＋会計監査人） 指名委員会等設置会社（取締役会＋三委員会＋会計監査人） 取締役会＋監査役＋会計監査人 取締役＋監査役＋会計監査人
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公開会社 |
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大会社以外（中小会社） |
大会社 |
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監査役会設置会社（取締役会＋監査役会＋会計監査人） 監査役等委員会設置会社（取締役会（＋監査等委員会）＋会計監査人） 指名委員会等設置会社（取締役会＋三委員会＋会計監査人） 取締役会＋監査役＋会計監査人 取締役会＋監査役会 取締役会＋監査役 いずれにも任意に会計参与を設置することができる。 |
監査役会設置会社（取締役会＋監査役会＋会計監査人） 監査役等委員会設置会社（取締役会（＋監査等委員会）＋会計監査人） 指名委員会等設置会社（取締役会＋三委員会＋会計監査人） いずれにも任意に会計参与を設置することができる。
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